A Comissão apresentou vários aspetos relacionados à saúde nas suas propostas do Quadro Financeiro Plurianual e do Instrumento de Recuperação, incluindo o investimento maior em sistemas de saúde e a criação de uma visão de longo prazo para a resiliência e o desempenho, melhorando a coordenação entre os países nos mecanismos de proteção com rescEU (capacidade de armazenamento, capacidade de transporte de medicamentos e envio de profissionais de saúde) e combater a escassez de medicamentos e a importância de criar um abastecimento de princípios ativos. Assim, a Comissão propõe que o ECDC obtenha mais poderes na coordenação da vigilância, preparação e resposta a crises na saúde, enquanto a EMA terá um papel maior na monitorização das falhas de abastecimento de medicamentos. Além disso, são ainda propostos desenvolvimentos quanto aos dados em saúde, investigação clínica, compras centralizadas e cooperação global.