Os órgãos sociais da AFP trabalham para dar voz ao farmacêutico comunitário, junto das instituições decisoras e de interesse para o setor, garantindo que os seus direitos são respeitados e que o seu papel é valorizado como essencial para o Serviço Nacional de Saúde e para a promoção da saúde pública.

Os membros da direção da AFP estão em constante contacto com os associados, visitando as farmácias e ouvindo as sugestões e opiniões dos farmacêuticos, que são tidas em conta nas decisões tomadas pelos órgãos sociais da Associação, bem como no lançamento de novos serviços e formações.

Os Órgãos Sociais da AFP são constituídos pela Direção, Mesa da Assembleia Geral e Conselho Fiscal, eleitos por mandatos de 4 anos.